硅立方分为地上、地下两部分，地上部分为硅立方主机区、外围配套区，地下部分为硅立方辅助支持区。

硅立方主机区放置超级计算机，主机区机柜采用三层布置、面对面放置两排机柜框架，最大支持66个柜位和6个通道柜；硅立方超级计算机尺寸8.44米×8.44米×8.5米，硅立方超级计算机采用玻璃幕墙围护结构，玻璃幕墙规格为14.5米×14.5米×9.8米，作为计算机的外部物理安全保护罩。

硅立方外围配套区设置冷水机组、冷却塔等设备。

硅立方辅助支持区占地面积根据施工界面及机房等级确定， 一般地下基坑深度6~8米。

硅立方主机区和辅助区作为标准硅立方建设范围，外围配套功能区作为选配，可以统一建设，亦可以由用户建设作为硅立方装置的场地配套接入条件。